Theo thông tin từ kết luận điều tra, người có chức vụ cao nhất trong Ngân hàng Nhà nước liên quan vụ án liên quan đến Tập đoàn Vạn Thịnh Phạt là Nguyễn Văn Hưng, cựu Phó chánh Thanh tra, phụ trách cơ quan thanh tra giám sát Ngân hàng Nhà nước. Cụ thể, Nguyễn Văn Hưng có vai trò là người ra Quyết định thanh tra tại SCB. Bị can này đã trực tiếp ký và chỉ đạo đối với đoàn thanh tra tại ngân hàng trong các năm 2017 và 2018 và giao cho bị can Đỗ Thị Nhàn làm trưởng đoàn, Nguyễn Thị Phụng là Phó trưởng đoàn và một số thành viên tổ tổng hợp.
Ông Hưng đã chỉnh sửa, hoàn thiện nội dung, báo cáo không trung thực, không đầy đủ so với kết quả thanh tra tại các báo cáo kết quả thanh tra, dự thảo Kết luận thanh tra và các báo cáo lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước và Chính phủ do bị can này tự chỉ đạo cấp dưới thực hiện.
Từ tháng 4/2016 đến ngày 1/10/2018, bị can Hưng đã nhiều lần nhận tiền từ lãnh đạo SCB, tổng 390.000 USD. Số tiền này, Hưng đã sử dụng vào mục đích cá nhân và hiện đã giao nộp toàn bộ. Nguyễn Văn Hưng bị đề nghị truy tố tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Cấp dưới của ông Hưng, bị can Đỗ Thị Nhàn là trưởng đoàn thanh tra SCB, biết rõ thực trạng ngân hàng này rất yếu kéo, thua lỗ nặng nề. Thay vì báo cáo trung thực, Nhàn nhận hối lộ 5,2 triệu USD của Trương Mỹ Lan và chỉnh sửa số liệu, biến SCB từ rất xấu thành bình thường.
Trong đợt thanh tra SCB lần 1, sau khi kết thúc và ký biên bản làm việc với SCB, bà Nhàn trực tiếp chỉ đạo cấp dưới bỏ ngoài số liệu phân loại nợ xấu gần 38.000 tỷ đồng, trích lập DPRR hơn 18.700 tỷ đồng và thoái dự thu hơn 3.000 tỷ đồng với 3 dự án tại SCB Chi nhánh Cống Quỳnh; thoái lãi dự thu khỏi thu nhập hơn 3.100 tỷ đồng các khoản bán Repo cổ phiếu trả chậm, làm thay đổi toàn bộ các chỉ tiêu tài chính của SCB như nợ xấu, âm vốn chủ sở hữu, lỗ lũy kế... theo hướng có lợi cho ngân hàng.
Tại cuộc hợp ngày 24/1/2018, bà Nhàn đã chỉ đạo cấp dưới xây dựng báo cáo lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước, Chính phủ không trung thực, không đúng về sai phạm, vi phạm của SCB so với kết quả thanh tra theo hướng giảm nhẹ sai phạm, đồng thời kiến nghị tạo điều kiện cho SCB tiếp tục được tái cơ cấu. Các bản báo cáo lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước và Chính phủ các ngày 12/3, 8/6, 28/6/2018, bà Nhàn tiếp tục chỉ đạo xây dựng dự thảo, chỉnh sửa, hoàn thiện nội dung tương tự báo cáo ngày 24/1.
Ở giai đoạn thanh tra 2, bà Nhàn là người chủ đạo đề xuất thay đổi kế hoạch thanh tra giai đoạn 2 nhằm thu hẹp phạm vi, thời kỳ thanh tra đối với 71 khách hàng có địa chỉ ở số 4 Nguyễn Thị Minh Khai để không phải thanh tra các khoản vay của nhóm khách này giai đoạn 31/3-30/6/2018; bỏ ngoài không thanh tra đối với 13 khách hàng cũng có địa chỉ như trên. Từ đó, bà Lan được tạo điều kiện để chỉ đạo thuộc cấp thực hiện việc cho vay mới mục đích tất toán các khoản vay với nhóm khách tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai, tổng cộng hơn 88.000 tỷ đồng.
Đối với bị can Nguyễn Văn Du, cựu quyền Chánh thanh tra phụ trách Cơ quan Thanh tra giám sát nhà nước bị cáo buộc đã ký Kết luận thanh tra mà chỉ dựa vào các báo cáo của đoàn thanh tra và trưởng đoàn mà không đọc kỹ, không tổ chức họp đoàn và không đọc báo cáo kết quả thanh tra của các tổ thanh tra. Ông Du thừa nhận bản thân thiếu trách nhiệm, không biết Nhàn đã báo cáo không trung thực, cố tình che giấu, bưng bít sai phạm của SCB. Về vụ lợi, theo kết luận điều tra, ông Du nhiều lần gặp gỡ người bên SCB, đồng thời cũng được tặng quà. Tuy nhiên, bị can Du đều không nhận và trả lại.
Bị can Nguyễn Thị Phụng, Phó trưởng Đoàn thanh tra, Tổ trưởng Tổ tổng hợp dưới sự chỉ đạo của bà Nhàn, đã bỏ ngoài toàn bộ số liệu nợ xấu phải phân loại Nhóm 4, Nhóm 5 với 3 dự án Mũi Đèn Đỏ, 6A, Royal Garden để ghi nhận tỷ lệ nợ xấu của SCB thấp hơn thực tế. Ngoài ra, bị can Phụng đã không trung thực trong tổng hợp, dự thảo các báo cáo về sai phạm, vi phạm của SCB tại các dự án, phương án tái cơ cấu so với kết quả thanh tra theo hướng giảm nhẹ và kiến nghị tạo điều kiện cho SCB tiếp tục được tái cơ cấu. Theo kết luận điều tra, Phụng đã nhiều lần nhận tiền, quà, lợi ích vật chất từ SCB, gồm: 20.000 USD, 210 triệu đồng, một đồng hồ, một túi xách và một chiếc khăn.
Bị can Vũ Khánh Linh, thanh tra viên, thành viên tổ thanh tra khai nhận đã 4 lần nhận tiền, quà và lợi ích vật chất từ SCB. Trong đó, có 2 lần Linh cùng các thành viên của Cơ quan Thanh tra giám sát nhà nước trả lại cho SCB, còn 2 lần được lãnh đạo SCB đưa túi trái cây và phong bì đựng 50 triệu đồng/lần. Linh đã nhận tổng 100 triệu đồng và sử dụng số tiền này vào mục đích cá nhân. Ngoài ra, các thành viên trong tổ thanh tra gồm Bùi Tuấn Khoa, Nguyễn Tuấn Anh, Phạm Hồng Linh, Phạm Quốc Thịnh và Nguyễn Lan Hương (những thành viên không giữ chức vụ) đều được nhận số tiền tương tự Linh, 100 triệu đồng/người.
Bị can Vương Đỗ Anh Tuấn, Tổ trưởng Tổ thanh tra số 3 và số 2 khai có 4 lần nhận tổng 40.000 USD và 2 chiếc áo thông qua Võ Tấn Hoàng Văn (cựu Tổng Giám đốc SCB). Anh Tuấn sau đó trả lại 20.000 USD, giữ lại một nửa để sử dụng cá nhân.
Bị can Trần Văn Tuấn, Tổ trưởng Tổ thanh tra số 4, thành viên tổ 1 khai nhận tổng 6.000 USD và 40 triệu đồng từ SCB. Bị can Lê Thanh Hà (Tổ trưởng Tổ thanh tra số 5 và số 3) đã 5 lần nhận tiền từ SCB, tổng 14.000 USD và 100 triệu đồng trong quá trình thanh tra.
Bị can Trương Việt Hưng, thành viên tổ 4, tổ 3 khai không nhận tiền, quà từ SCB trong thời gian tham gia đoàn thanh tra tại SCB. Tuy nhiên, cơ quan điều tra có căn cứ xác định Hưng đã 2 lần nhận tiền vào ngày công bố Quyết định thanh tra số 315 (15/8/2017) và dịp nghỉ lễ 2/9 năm 2017, tổng 6.000 USD.
Bị can Nguyễn Văn Thùy, thành viên tổ 1, tổ 4, tổ 2, khai có 6 lần nhận tiền, tổng 21.000 USD, 60 triệu đồng, một áo sơ mi, một áo phông và một hộp yến từ Ngân hàng SCB. Còn Nguyễn Hà Linh, thanh tra viên Thanh tra Chính phủ, chủ động khai báo được 4 lần SCB đưa tổng 6.000 USD và 50 triệu đồng.
Ngoài các cá nhân trên, Bộ Công an xác định có 3 người thuộc Kiểm toán Nhà nước và Ủy ban Giám sát tài chính quốc gia gồm Lại Văn Bách, Bùi Vũ Hồng Trang, Phạm Thùy Linh, mỗi người nhận 9.000 USD và 100 triệu đồng từ SCB.
Khánh Ngân